Tuy nhiên, bên cạnh đó, trong quá trình bảo tồn, tôn tạo di tích lịch sử văn hoá cũng đã có nhiều sai phạm đáng tiếc, thậm chí rất trầm trọng. Nguyên tắc “bảo quản, tu bổ và phục hồi di tích phải... đảm bảo giữ gìn tối đa những yếu tố nguyên gốc của di tích” được quy định tại Luật Di sản văn hoá đã không được thực hiện nghiêm túc, thậm chí có những trường hợp cố tình vi phạm.
Rất nhiều trường hợp các di tích đã bị tu sửa, phục hồi sai lệch với nguyên gốc. Các chủ đầu tư và các chuyên gia, các nhà thầu đã không nghiên cứu nghiêm túc các cứ liệu khoa học nên không chỉ làm sai hình dạng, kết cấu mà cả chất liệu của di tích, dẫn đến làm sai lạc nội dung, ý nghĩa lịch sử và giá trị văn hoá, nghệ thuật của các di tích.
Nhiều di tích bị cưỡng ép “làm mới” một cách thô bạo, vô nguyên tắc. Có những di tích đang cơ bản nguyên vẹn nhưng đã bị dẹp bỏ và thay thế bằng công trình mới. Quy hoạch của nhiều di tích bị thay đổi, biến dạng theo ý muốn chủ quan của các chủ đầu tư. Trong khu vực I của di tích, kể cả không ít di tích quốc gia, bị điều chỉnh và xây dựng thêm các công trình mới. Một số di tích được tôn tạo nhưng đã bị vi phạm đến tính nguyên vẹn, làm ảnh hưởng các giá trị vốn có ban đầu.
Mặt khác, vẫn còn tình trạng đáng bảo quản thì tu sửa, đáng phục hồi thì chưa phục hồi, đáng tu sửa thì không tu sửa, mạnh ai nấy chạy, thiếu một kế hoạch tổng thể của cả ngành trên phạm vi cả nước, cả tỉnh về công tác này. Do vậy, bên cạnh một số di tích được đầu tư lớn thì vẫn có những di tích chưa được sự quan tâm đúng mức dẫn đến tình trạng một số di tích chưa thoát khỏi nguy cơ trở thành phế tích.
Nguyên nhân của tình trạng này là do chúng ta nhận thức chưa đầy đủ, chưa sâu sắc các quy định pháp lý về bảo tồn, tu bổ, tôn tạo di tích lịch sử văn hóa. Có không ít trường hợp là cố tình vi phạm vì lợi ích cá nhân hoặc lợi ích cục bộ của các nhóm, các địa phương. Cũng có nhiều trường hợp do khuyến khích xã hội hóa một cách ồ ạt nhưng thiếu chỉ đạo chuyên môn nghiệp vụ, thiếu quản lý và giám sát nên dẫn đến hoặc do thiếu hiểu biết mà làm sai hoặc cố tình làm sai.
Trong thời gian gần đây, trên cả nước, nhiều di tích có giá trị lịch sử và văn hóa quan trọng đã được lập dự án và tiến hành tôn tạo. Tuy nhiên, trong quá trình lập, phê duyệt dự án và tiến hành tôn tạo, các cơ quan quản lý, các chủ đầu tư, các cơ quan tư vấn đã quá chú trọng ưu tiên đến mục tiêu khai thác các giá trị của di tích cho kinh doanh du lịch nên chi phối không nhỏ đến định hướng tư duy trong quá trình hình thành ý tưởng và xây dựng đề án tôn tạo, phục hồi di tích. Không ít trường hợp việc vi phạm Luật Di sản và Quy chế bảo quản, tu bổ và phục hồi di tích LS – VH, danh lam thắng cảnh đã xuất phát từ nhận thức này.
Để huy động và phát huy có hiệu quả cao các nguồn lực trí tuệ và vật chất một cách có hiệu quả trong công tác bảo tồn, tôn tạo di tích lịch sử văn hoá, danh lam thắng cảnh, vừa giữ gìn được di sản của dân tộc, vừa phát huy tác dụng giá trị của các di sản vào đời sống đương đại, thiết nghĩ cần nâng cao hơn nữa vai trò quản lý của các cơ quan công quyền, năng lực chuyên môn và ý thức trách nhiệm của các cơ quan chuyên môn và ý thức pháp luật của mọi công dân, trước hết là những người trực tiếp làm công tác bảo vệ di sản.