Theo gia phả đại tộc dòng họ Nguyễn Khắc tại xã Hồng Long, huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An, Tiến sĩ Nguyễn Khắc Văn sinh năm Đinh Mão (1567) tại xã Hoàng Liệt, huyện Thanh Trì, phủ Thường Tín, sau chuyển đến ở phường Hà Khẩu, Kinh đô Thăng Long nay là phố Hàng Buồm, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội. Cụ mất năm nào gia phả không chép nhưng hiện nay còn phần mộ và nhà thờ tại xóm 10 xã Hồng Long, huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An.
Nguyễn Khắc Văn vốn nổi tiếng hiếu học, thời niên thiếu đã miệt mài trau dồi kinh sử nhưng mãi về già mới chịu đi thi, bởi ông cũng như nhiều kẻ sĩ và một số cựu thần nhà Lê mang nặng tư tưởng “ Trung quân”, coi nhà Mạc là ngụy triều. Đến khi quân Lê – Trịnh đánh đuổi được nhà Mạc, vua Lê trở lại Kinh đô Thăng Long, ông mới ra ứng thí.
Mùa xuân năm Mậu Thìn (1628) đời vua Lê Thần Tông niên hiệu Vĩnh Tộ thứ 10, Nguyễn Khắc Văn thi đậu Đồng Tiến sĩ xuất thân. Từ đây ông có dịp thể hiện năng lực, phẩm chất và cống hiến trên con đường làm quan của mình.
Dẫu cuộc đời làm quan của ông tuy muộn, lại trong hoàn cảnh đất nước bị chia cắt, sự tranh giành quyền lực giữa vua Lê, chúa Trịnh có lúc gay gắt nhưng ông luôn biết phát huy tài năng, đức độ, tiến thân bằng chính năng lực của mình. Do có nhiều đóng góp ông được triều đình phong thưởng nhiều chức tước: Từ Quang lộc Tự Khanh, Tả Đô Đốc đồng tri xứ Thanh, Kiêm Tham tri, Lại Bộ tán Binh cơ Thảo tặc, Văn Phương hầu Nguyễn Tướng công, Lễ Bộ tả Thị lang, Lễ Bộ hữu Thị lang. Những đóng góp của ông đối với triều đại và đất nước đã được sử sách ghi lại.
Cụ Nguyễn Khắc Văn không những là một con người học rộng tài cao, mà còn là một con người nổi tiếng đức độ, thanh liêm và thương dân hết mực. Trong quá trình thực thi nhiệm vụ ông luôn chăm lo vỗ về dân chúng thực hiện tốt chính sách an dân, chính vì vậy mà sử sách của nước nhà còn dành nhiều lời ca ngợi: “ Bấy giờ bọn khâm sai võ tướng phần nhiều cậy thế thân cận có công, không theo chiếu lệnh, lấy lạm của dân, công nhiên hối lộ, thải người già, miễn bắt lính, điên đảo bất công, nhiều lần bị chất vấn, quở trách, mà quan duyệt tuyển ở Thanh Hóa là bọn Thái Bá Kỳ càng quá lắm. Duy có bọn Cao Ty, Trần Vỹ, Lã Thì Trung, Nguyễn Quang Minh, Nguyễn Tài Toàn, Nguyễn Khắc Văn, Nguyễn Trừng là thận trọng giữ phép. Không phạm pháp, được lòng dân nhiều, dân đều ca ngợi”[ 7; 357].
Khi về già, ông chuyển gia quyến về sống tại thôn Nha Môn hưởng lộc điền vua ban, dạy bảo con cháu học hành dựng nghiệp, mở mang làng xóm. Từ đó con cháu dòng họ của ông đã nối đời phát triển trên đất Nghệ An, Hà Tĩnh và nhiều nơi khác cho đến nay đã trên 13 đời.
Gia phả dòng họ Nguyễn Khắc cho biết cụ Nguyễn Khắc Văn đã từng được vua ban: Cờ tiến sĩ, Bức đại tự “ Linh ứng thần” , 3 đạo sắc phong thần, Bài vị, Long ngai, Kiệu bát cống, Các đồ tế khí. Những hiện vật nói trên vẫn gìn giữ bảo quản chu đáo ở từ đường.
Theo văn bia của thần tổ họ Nguyễn Khắc, sau khi mất, ông được truy phong là Đoan túc dực bảo Trung hưng chi thần sau đó được phong là Trung đẳng thần.
Là người hiền từ đức độ, khoa cử đỗ đạt, lại có công mở mang làng xóm trở thành thủy tổ của dòng họ Nguyễn Khắc tại Nghệ An, Hà Tĩnh, nên thôn Long Môn đã tôn ông làm Thành Hoàng và lập đền thờ. Về sau, dưới triều Nguyễn, ông lại được nhà vua sắc phong thần vào các năm Đồng Khánh 1 (1886) và Thành Thái thứ 15 (1903).
Đền thờ Thành Hoàng thôn Long Môn trước đây gồm có: Nhà thượng, Nhà hạ, Cổng tam quan. Trong đền có câu đối:
Khoa giáp trung lai danh bất hủ
Cung tường ngoại vọng đạo xưng tôn.
Do dãi dầu mưa nắng với thời gian và bom đạn chiến tranh, dấu tích đền thờ xưa nay chỉ còn lại một số hòn đá kê chân cột đền và một số đồ thờ tự được con cháu dòng họ Nguyễn Khắc đưa vào nhà thờ để thờ cúng.
Theo các cụ cao tuổi trong làng kể lại, ngày xưa vào những năm thời tiết hạn hán, dân trong làng đứng đầu là các hương lý, chức dịch tổ chức cúng tế cầu mưa tại đền. Hàng năm cứ đến ngày 15 tháng 2 ( Âm lịch) dân làng cùng con cháu trong dòng họ rước kiệu từ đền đi quanh làng.