Ông đã kiên nhẫn chấp nhận sự trớ trêu của lịch sử, bi kịch của chính cuộc đời mình để phụng sự lợi ích đất nước, lợi ích nhân dân. ông có một năng lực hấp thu tri thức, thâu hoá văn hoá nhân loại Đông - Tây tuyệt vời. Ông là người Việt Nam tiêu biểu, là đại diện lớn, xứng đáng vào hàng nhất của văn hoá dân tộc trong cuộc giao lưu đầu tiên của văn hoá Việt với văn hoá phương Tây. Ông trở thành người lạ và hiếm của Việt Nam thế kỷ XIX, cả về sau nữa bởi ông có một phong cách tư duy mới, rất khác với phong cách và truyền thống tư duy của những người trước ông, cùng thời với ông, thậm chí sau ông. Nguyễn Trường Tộ là người hiếm và lạ bởi trước ông, và sau ông, ít nhất là trong thế kỷ XIX, không mấy ai có được một đường lối phục quốc và kiến quốc hợp thời và hợp tình như ông.
Nguyễn Trường Tộ là một nhân vật lớn của lịch sử bởi ông đã để lại cho hậu thế, cho lịch sử nhiều bài học lớn và là những bài học để đời. Bi kịch Nguyễn Trường Tộ nhắc nhở các nhà cầm quyền hãy tỉnh táo và sáng suốt, hãy có dũng khí để lắng nghe, tin tưởng và trọng dụng những người có tri thức, có tài và có tâm huyết. Tổ quốc là của nhân dân mọi thế hệ, mọi giai tầng xã hội, không của riêng một ai, bởi vậy ai cũng có quyền và nghĩa vụ phải yêu thương và gìn giữ, bảo vệ. Các nhà cầm quyền có trách nhiệm tập hợp mọi tình cảm, trách nhiệm của cả cộng đồng để bảo vệ và xây đắp Tổ quốc ngày càng giàu, đẹp và mạnh hơn, để cho trong đó mọi người được hưởng tự do, dân chủ, được sống thân ái hơn, sung sướng, hạnh phúc hơn. Nguyễn Trường Tộ cũng đã để lại cho giới trí thức bài học về chính mình. Đó là lập thuyết, lập ngôn, xây dựng và phát triển các ý tưởng phải dựa trên cơ sở lý luận và thực tiễn, phải tôn trọng các quy luật khách quan, không được hồn nhiên mơ hồ về khoa học và càng không cho phép tồn tại trong mình các ảo tưởng về thế giới quanh ta và chính ta. Đường lối cải cách của Nguyễn Trường Tộ có chỗ là không tưởng bởi ông vẫn còn có những ảo tưởng về vua quan nhà Nguyễn, về những vấn đề, những điều kiện chính trị - xã hội của đất nước trong thời điểm lịch sử lúc đó. Bi kịch của ông là từ đó, chỗ đó mà ra.
Kỷ niệm 180 năm ngày sinh của Nguyễn Trường Tộ là một thời cơ để chúng ta nhìn nhận lại lịch sử, tiếp tục phát hiện ra trong và từ lịch sử những bài học cho mỗi người và cho cả cộng đồng. Có thể và tin tưởng chúng ta sẽ tiếp tục khám phá và phát hiện được ở ông nhiều ý tưởng, nhiều vấn đề, nhiều bài học hơn nữa cho sự tồn tại và phát triển hôm nay. Riêng tôi, nghĩ về Nguyễn Trường Tộ, từ hôm nay, tôi thấy từ cuộc đời ông, có nhiều mối quan hệ, trong nhiều mối quan hệ: Đông và Tây, Có đạo và không có đạo, Nhu và Cương, Chiến và Hoà… và nổi bật nhất, có ý nghĩa thời sự nhất là mối quan hệ giữa Trí thức và Quyền lực. Đây chính là mối quan hệ cơ bản đưa ông, và không chỉ riêng ông, mà cả chính quyền nhà Nguyễn, cả dân tộc Việt Nam tới bi kịch hồi thế kỷ XIX, và không chỉ ở thế kỷ XIX. Quyền lực và Trí thức là mối quan hệ mà bất cứ thời nào cũng phải có; Là mối quan hệ gắn bó nhưng có khoảng cách và thường thiếu tin cậy, thậm chí nghi ngờ, lợi dụng lẫn nhau. Trí thức và Quyền lực chỉ thực sự gắn bó với nhau mỗi khi Trí thức vượt lên, thoát ra khỏi cái tôi, cái nhân cách cá nhân mãnh liệt, cũng có thể gọi là cái sĩ của mình, để hướng tới một giá trị lớn lao của dân tộc đồng thời với Quyền lực biết tôn trọng trí thức, biết hướng sức mạnh của quyền lực vào phụng sự cho lợi ích dân tộc. Tất nhiên, đó là việc vô cùng khó. Tự Đức và nhà Nguyễn cũng không hề muốn quyền lực của mình, và dân tộc rơi vào tay người Pháp, nhưng chính sự cám dỗ của quyền lực, quyền lợi, sự đố kỵ và nghi kỵ với trí thức, các giai tầng khác, lực lượng khác, và một số các điều kiện khác đã xui khiến họ không tin tưởng giới trí thức, mà Nguyễn Trường Tộ là một nhân vật đại diện.Tôi nghĩ vậy, và tin rằng, muốn cho đất nước thái bình, phát triển, một trong những điều kiện quan trọng là cần thiết lập được sự tin tưởng lẫn nhau, sự tôn trọng, thậm chí là thoả hiệp giữa quyền lực và trí thức. Có như vậy, cùng với việc xử sự hài hoà các mối quan hệ khác, nhất là quan hệ lợi ích giữa các giai cấp, tầng lớp, mọi việc mới trở nên êm thấm, sức mạnh dân tộc mới được củng cố và phát huy, đủ khả năng giải quyết được các yêu cầu của đất nước. Và chỉ có vậy, số phận dân tộc, thân phận tầng lớp trí thức và mỗi trí thức mới có thể hy vọng không bị đưa đẩy vào tình thế bi kịch, trớ trêu như Nguyễn Trường Tộ./.