Đào Trinh Nhất nổi tiếng với tài viết văn và viết báo. Mặc dù văn và báo của cụ đa phần thiên về mảng đề tài lịch sử nhưng ít có đánh giá các công trình của cụ từ khía cạnh sử học. Không nổi tiếng  như các nhà sử học đương thời như Trần Trọng Kim và Đào Duy Anh nhưng Đào Trinh Nhất tiếp cận lịch sử theo cách riêng của mình.

 Nếu các công trình của học giả Trần Trọng Kim và Đào Duy Anh mang tính hàn lâm bác học thì sách sử của Đào Trinh Nhất, dù không nhiều, lại khiến người đọc phải suy ngẫm về ý tứ sâu xa của nó và tự rút ra những bài học thấm thía từ trải nghiệm không chỉ của nhà sử học mà còn từ kinh nghiệm của bậc trí giả trước những thử thách khắc nghiệt của thời cuộc. Đào Trinh Nhất đã viết sử theo phương châm của nhà triết học, nhà giáo dục người Pháp Motaigne, người hơn 400 năm trước đã phát biểu “học sử chủ yếu là để tìm hiểu con người qua gương các nhân vật quá khứ. Sử cống hiến một kho tàng nguyên liệu vô cùng phong phú về con người.. học sử không phải chỉ để biết các sự kiện.. mà để tìm hiểu con người nói chung, đồng thời để rèn luyện trí xét đoán”

Trong quá trình làm báo, đặc biệt trên báo Trung Bắc tân văn Chủ Nhật, dưới bút danh Quán Chi hoặc lấy chính danh, Đào Trinh Nhất cho đăng tải nhiều bài liên quan đến lịch sử, như lịch sử cờ bạc ở Việt Nam , lịch sử thành Hà Nội có liên quan đến sự kiện cô Tư Hồng cho phá thành và bán gạch, lịch sử trường học của người Hoa ở Việt Nam... Tư liệu lịch sử của cụ đa phần không có  trong các sách hàn lâm hay sách giáo khoa, nó đảm bảo tính độc đáo cho những người có công sưu tầm nguồn sử liệu. Một trong những cuốn sử được cụ dành nhiều tâm huyết là Phan Đình Phùng- nhà lãnh đạo 10 năm Kháng chiến (1886-1895) ở Nghệ Tĩnh. Sách gồm hơn 100 trang, lần đầu xuất bản năm 1936 ở Hải Phòng. Hiện nay các công trình của cụ đã được ông Đào Duy Mẫn và Chương Thâu thu thập trong tập sách mới có tên Đào Trinh Nhất- Tuyển tập tác phẩm và được nhà sách Đông Tây phát hành rộng rãi năm 2011. Những trích dẫn sử dụng dưới đây đều được lấy từ cuốn sách này.

Để viết ra một công trình lịch sử, ở thời xưa cũng như thời nay cần hai việc tối quan trọng là thu thập dữ liệu và vận dụng phương pháp luận sử học để trình bày lịch sử. Khi viết Phan Đình Phùng, Đào Trinh Nhất đã dành ít nhất 10 năm để thu thập dữ liệu. Phương pháp luận sử học mà cụ tiếp cận vừa  truyền thống vừa hiện đại, và tư duy sử học của cụ thì mới đến mức các nhà sử học ở Việt Nam hiện nay có lẽ còn khó mà theo kịp. Cụ viết sử theo phong cách trần thuật (narrative), một phong cách hiện được giới sử học Âu-Mỹ ưa chuộng.

Về sử liệu liên quan đến Phan Đình Phùng, Đào Trinh Nhất phải thừa nhận rằng không có nhiều thư tịch để cụ khảo cứu. Lý do là vì  mặc dù  được  sinh ra trong một  gia đình khoa bảng  nổi tiếng đất Hà Tĩnh nhưng gặp buổi chiến tranh loạn lạc, hầu hết giấy tờ ghi chép đều bị thất lạc. Ngoài ra, những gì liên quan đến nhà yêu nước còn bị phe đảng Nguyễn Thân tìm cách tuyệt diệt. Kể từ những năm 1925-1926, Đào Trinh Nhất đã lặn lội tới Hà Tĩnh và theo dấu chân Phan Đình Phùng tới tận Thạch Thất, Sơn Tây, Đông Triều Hải Dương (là những địa danh ở Bắc Kỳ mà Phan Đình Phùng đã tới) để tìm tài liệu nhưng ông phải than lên rằng “những giấy tờ và thủ bút của họ Phan bị tiêu tán thất lạc hết sạch. Phần thì mất ngay trong lúc binh hoả bôn ba, phần thì mất bởi những dư đảng bị hàng đầu bắt bớ, những nhà đồng chí bị khám xét tịch thâu. Có nhà phải ngậm ngùi tự động đốt đi, kẻo sợ liên luỵ”, do đó “công việc sưu tầm tài liệu nhiều nỗi gian nan”. Gian nan nhưng cụ Đào vẫn quyết tìm. Cho dù tài liệu chỉ còn những dấu tích ít ỏi “còn chăng, chỉ là năm ba mảnh đoạn giản tàn biên, mực đã mờ, giấy đã nát”. Chất lượng các tài liệu còn lại khó tiếp cận đến nỗi “ống kính hòm ảnh phải từ chối, không chịu bắt sáng”. Qua cách cụ Đào mô tả có thể hình dung cụ có trang bị máy ảnh để lưu chép lại tài liệu nhưng chắc không chụp được vì để lâu ngày, giấy đã mủn, mực đã mờ. Tuy nhiên có một nơi còn lưu lại bút tích của cụ Phan là bài thi Đình mà cụ đã làm trong kỳ thi năm 1877 và đỗ Tiến sĩ.  Đào Trinh Nhất có trong tay bài thi này và nhờ đó mà đánh giá được trí lực, tầm vóc và quan điểm chính trị của cụ Phan. Đào Trinh Nhất cũng tiếp cận nhiều ghi chép của người Pháp về các mối quan hệ với triều đình, nhờ thế đưa ra đánh giá khách quan từ nhiều phía. Ngoài việc truy tìm các thủ bút của Phan Đình Phùng và các tài liệu khác, Đào Trinh Nhất còn làm một việc mà ngày nay không phải nhà sử học nào ở Việt Nam cũng làm và tuân thủ như một phương pháp sử học quan trọng là phỏng vấn người đương thời như những nhân chứng sống lịch sử, trên địa bàn Bắc Kỳ cũng như ở Hà Tĩnh quê hương Phan Đình Phùng. Điều này tạo nên giá trị độc đáo cho tác phẩm của Đào Trinh Nhất. Bản thân được sinh ra trong một gia đình danh giá, là con của Đào Nguyên Phổ, là con rể của Lương Ngọc Quyến, cụ Đào có cơ hội được gặp gỡ đàm đạo với nhiều nhân vật có tiếng tăm buổi đương thời, đảm bảo những thông tin của cụ có độ tin cậy cao.

Về phương pháp luận sử  học, Đào Trinh Nhất không một mảy may tuyên bố trong tác phẩm của mình. Công trình về Phan Đình Phùng lần đầu ra mắt năm 1936, tức là dưới thời Pháp đô hộ. Phan Đình Phùng lại là một thủ lĩnh kiên cường chống Pháp, vậy thì Đào Trinh Nhất phải giữ một thái độ thế nào để tránh kiểm duyệt của nhà cầm quyền. Theo hiểu biết hạn hẹp của người viết bài này thì có lẽ ở Bắc Kỳ, cùng với tác giả Phan Bội Châu, Đào Trinh Nhất là người đầu tiên đã có tác phẩm ca ngợi tấm gương yêu nước của một anh hùng chống Pháp và được xuất bản chính thức dưới thời chính quyền thực dân. Nếu cụ Phan Bội Châu viết dưới dạng truyện và tiểu thuyết thì Đào Trinh Nhất lựa chọn hình thức viết về danh nhân lịch sử.

Có thể nói, tác phẩm của Đào Trinh Nhất là một mẫu mực kinh điển về danh nhân lịch sử. Qua một trăm trang sách ta có thể hình dung hầu hết về thân thế sự nghiệp, về các mối quan hệ , về diện mạo tính tình và đặc biệt, về nhân cách của một chí sĩ và khả năng đưa ra quyết định của một vị thủ lĩnh trước những thử thách khó khăn. Đào Trinh Nhất đã đặt Phan Đình Phùng trong mối quan hệ nhiều phía, trước hết là quan hệ vua-tôi, quan hệ giữa các quan trong triều, quan hệ với nghĩa quân, với gia đình.. và có những lý giải sâu sắc khi đưa những mối quan hệ đó vào bối cảnh chính trị xã hội đương thời.

Về tính cách và diện mạo của Phan Đình Phùng, Đào Trinh Nhất đã thu thập được nhiều điều thú vị. Theo nhận xét của người đương thời, Phan Đình Phùng là người xấu xí và không có tướng mạo của một anh hùng. Lại nữa, thuở nhỏ đi học bị cho là “đần độn tối tăm, học trước quên sau, thày học nói là mai sau Phùng không làm gì nên thân”. Vậy mà với ý chí kiên cường, chăm chỉ chịu khó, năm 29 tuổi Phan Đình Phùng đỗ Cử nhân và năm 30 tuổi đỗ Tiến sĩ. Đào Trinh Nhất ngợi ca “một người can đảm đầy mình, làm việc gì cũng toàn là coi chết như không”. Theo mô tả của nhà viết sử, Phan Đình Phùng là người thật thà, thẳng và gan nhưng lại không phải là người cố chấp. Cụ Phan có thể giận mà đánh cha cố đạo vì thói ỉ thế giết người như rạ “không kém gì Tôn Thất Thuyết”. Nhưng cụ Phan đánh cha cố không phải vì ghét Thiên Chúa Giáo như thái độ của Triều đình thời đó mà chỉ là sự trừng phạt đối với một cá nhân. Với Đạo Thiên chúa, cụ nói “Mình muốn người ta đừng xâm phạm đến tín ngưỡng của mình thì mình đừng xâm phạm đến tín ngưỡng của người ta. Thiên Chúa cũng là một thứ tôn giáo, mặc ai tin thì theo”. Và khi dấy cờ khởi nghĩa, cụ Phan đối đãi với giáo dân theo cách bình đẳng “Lương dân hay giáo dân đều là xích tử của triều đình, chớ nên vì lẽ gì mà hại lẫn nhau”. Qua vài dẫn chứng mà Đào Trinh Nhất đưa ra có thể thấy cụ Phan là người hiểu đời và yêu sự công bằng.

Tính cương trực của cụ Phan được thể hiện sinh động qua hình ảnh của một quan Ngự sử. Đào Trinh Nhất chia sẻ “Làm Ngự sử về thời trị đã khó khăn, vì thấy nhiều ông Ngự sử khiếp sợ oai quyền, rõ biết vua sai, quan lỗi mười mươi mà không dám nói; huống chi làm Ngự sử thời loạn, khôn sống mống chết.. Ngự sử chẳng phải là chức khó lắm sao?”. Quan Ngự sử là chức quan can gián những việc làm sai trái của vua quan, có lẽ tương tự như chức thanh tra ngày nay. Ngự sử có nhiệm vụ tâu trình về sai trái, còn việc xử lý lại do Vua và triều đình quyết định. Nhiều khi tâu trình mà không được xem xét thì chỉ khiến các quan thêm thù oán, chẳng bằng chuốc hoạ vào thân. Nhưng cụ Phan, theo như lời Đào Trinh Nhất “xứng đáng là một quan Ngự sử ở thời loạn. Vì gặp việc sai lầm cụ đều dám nói”. Đào Trinh Nhất đã thu thập được rất nhiều bằng chứng để xác minh cho tính kiên định, thẳng thắn và tinh tường của Phan Đình Phùng như việc cụ đàn hặc các quan tham gia trường bắn ở Thuận An, hạch quan Kinh lược Bắc Kỳ và đặc biệt hạch tội Tôn Thất Thuyết đã dám trái di chiếu của vua Tự Đức, phế Dục Đức và lập Hiệp Hoà lên ngôi. Chỉ vì hành động quả cảm này mà cụ Phan đã bị cách tuột hết chức vụ và suýt mất mạng.

Dưới ngòi bút của Đào Trinh Nhất, tính cách các nhân vật lịch sử bộc lộ sinh động. Đào Trinh Nhất không nhìn nhận con người lịch sử từ góc độ chính diện hay phản diện, ông cố giữ một thái độ khách quan. Tất nhiên “nhân vật” được ông ưu ái hơn cả là Phan Đình Phùng với những phẩm chất của một người anh hùng. Điểm duy nhất mà Đào Trinh Nhất “chê” cụ Phan là tài học chỉ gói gọn trong từ chương cử nghiệp chứ không phải là một nhà học vấn uyên bác hay một thức giả có văn tài. Tuy nhiên, nhà viết sử lại khen bản tính thật thà chất phác của cụ Phan, biết đến đâu nói đến đó, không màu mè hoa lá “Trong sự học của cụ [Phan Đình Phùng] có đức thận trọng và tự khiêm…Cụ không phải là ông Nghè hay chữ, mà cốt ông Nghè yêu nước”.  

Những nhân vật lịch sử có tính cách phức tạp cũng được Đào Trinh Nhất mô tả chỉ qua vài nét bút tài hoa. Vua Tự Đức được cho là ông vua thông minh, có trí tuệ, chăm chỉ việc triều chính nhưng nhu nhược, thiển cận, “không biết gì đến sự xoay vần của thế giới bên ngoài”. Tuy vậy, cũng chỉ vì cái sự nhu nhược tưởng vô hại này mà gây ra họa mất nước. Trong khi đó, nhân vật Tôn Thất Thuyết, dưới cái nhìn nghiêm khắc và công minh của Đào Trinh Nhất hiện lên đầy mâu thuẫn. Một mặt, Đào Trinh Nhất phê phán bản tính thô bạo, chuyên quyền, là người “dụng sức chứ không dụng mưu”. Ông phê mạnh đến mức coi Tôn Thất Thuyết là nguyên nhân của các mâu thuẫn và rối ren trong triều do cách cư xử thô lỗ thiếu khôn khéo, quá đa nghi nên làm việc gì cũng không có trợ thủ tin cẩn mà dẫn đến thất bại. Mặt khác, trước ý chí quyết tử với quân Pháp, Đào Trinh Nhất đã tỏ lời ngợi khen. Đặt Tôn Thất Thuyết cạnh Nguyễn Văn Tường, vốn cùng một phái chủ chiến nhưng là người thay lòng đổi dạ, dễ bị lung lạc và hèn nhát, Đào Trinh Nhất viết “Chính nhiều người Pháp cũng khen ngợi tấm lòng trung thực của Thuyết…nếu Thuyết chịu ra hàng phục Bảo hộ, có lẽ cũng được Bảo hộ trọng đãi, chứ không như Tường đòn xóc hai đầu, vừa bị khinh bỉ, vừa bị đi đày.. Nói cho phải, người Pháp có độ lượng tử tế với kẻ cừu địch mình, ai biết cũng phải cảm động.. Nhưng Thuyết không có ý chịu khuất phục”.

Đào Trinh Nhất không chỉ phác hoạ chân dung các nhân vật lịch sử mà còn đưa ra lý giải cho những quyết định quan trọng mang tính bước ngoặt trong cuộc đời của những nhân vật đó. Vì sao Tôn Thất Thuyết đã dự định xử chém Phan Đình Phùng rồi lại thay đổi ý định, chỉ cách tuột chức tước của ông? Rồi sau đó trong tình thế nguy nan thì lại nhận ra Phan Đình Phùng mới là người tri kỷ và có thể cùng chung vai gánh vác việc nước. Có lẽ những trang Đào Trinh Nhất tâm đắc nhất là những trang mô tả trăn trở của Phan Đình Phùng trước khi dấn thân làm việc nghĩa, dù không biết thành bại thế nào. Qua khảo cứu của Đào Trinh Nhất ta mới biết rằng Phan Đình Phùng vốn chủ trương hoà hoãn mở cửa với Pháp theo tinh thần cải cách của Nguyễn Trường Tộ và Bùi Viện. Khi Tôn Thất Thuyết khăng khăng chủ chiến, coi thường sức mạnh quân Pháp, nhắm mắt trước thời cuộc mà không chuẩn bị lực lượng, chiến lược phù hợp, Phan Đình Phùng có ý không phục. Nhưng khi vận nước ngàn cân treo sợi tóc thì cụ buộc lòng phải dấn thân và trở thành người duy nhất mà Tôn Thất Thuyết có thể tin cậy.

Bản thân Đào Trinh Nhất là người gốc Nho học, cụ đã lấy thuyết “thiên, địa, nhân” để phân tích lựa chọn lịch sử của Phan Đình Phùng. Khi dựng cờ khởi nghĩa, điều duy nhất mà Phan Đình Phùng có được chỉ là yếu tố “nhân hoà”, tức là ý của vua Hàm Nghi và nhân dân đều một lòng muốn đánh Pháp. Qua kế hoạch Phan Đình Phùng bàn với Tôn Thất Thuyết, ta thấy cụ biết rằng đất Hà Tĩnh không phải thế địa lợi “vì bề ngoài không ra được biển mà bề trong thì là vào rừng, vào rừng là đường chết vì sau này nếu bị bốn mặt bọc vây, ở giữa tuyệt lương thì nguy lắm.. còn thiên thời thì tôi không dám nói đến.. Duy được có nhân hoà là quý hơn cả, tôi dám làm đại sự là chỉ trông cậy vào đó mà thôi”. Được lòng người hưởng ứng, Phan Đình Phùng biết là mình đã có chính nghĩa. Và như một người anh hùng trong buổi nguy nan, không đợi hội tụ đủ mọi thời cơ để đảm bảo thắng lợi, Phan Đình Phùng đã sẵn sàng xả thân vì nghĩa lớn “Cái cơ thua cụ biết trước… nhưng mà nhân được lúc lòng người đang nô nức, thì phải chụp lấy mà làm ngay.. Nếu chờ cho khi nào dự bị được đủ các thứ, thì lòng người nguội mất còn gì… phải ứng thời, chớ phải là đã thời được”.

Một cuốn sử mỏng manh được viết ra cách nay hơn 70 năm mà gợi cho ta nhiều suy nghĩ. Khi nhận xét về cuốn Phan Đình Phùng của Đào Trinh Nhất, Giáo sư văn học Nguyễn Đình Chú có gợi ý nên đưa sách này cho học sinh, sinh viên đọc và thảo luận. Thiết nghĩ đây là một ý tưởng rất hay. Để học sinh thảo luận về các tình huống lịch sử là một cách tiếp cận thú vị trong giảng dạy lịch sử tại nhà trường hiện nay. Sách của Đào Trinh Nhất bày ra trước mắt ta vô số các tình huống, là một nguồn tài liệu quý tạo cơ sở bàn bạc, trao đổi, tranh luận.